Search

Nâng cao năng lực giải trình tự gen thế hệ mới tại Việt Nam

Dự án này là gì?

Bệnh viện Phổi Trung ương (BVPTW) đóng vai trò dẫn dắt trong Chương trình Chống Lao Quốc gia (CTCLQG), và Viện Pasteur Nha Trang là một viện nghiên cứu khu vực trong hệ thống kiểm soát bệnh truyền nhiễm. Hai đơn vị này được cung cấp các máy giải trình tự Oxford Nanopore Technologies (ONT) nhỏ gọn, linh hoạt và chi phí thấp, bộ kit giải trình tự, vật tư tiêu hao, đào tạo công nghệ. Tiếp đó, các đơn vị được hỗ trợ liên tục thông qua cung cấp kỹ thuật, giám sát và đánh giá để giúp các đơn vị này tiếp tục chuyển giao công nghệ cho các cơ sở khác trong mạng lưới của mình, cũng như thực hiện phân tích gen SARS-CoV-2 và giám sát di truyền gen tại các địa phương. Dự án nhằm nâng cao năng lực giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) để nghiên cứu và giám sát các tác nhân gây ra đại dịch, dịch bệnh, các bệnh truyền nhiễm mới nổi và tái nổi. Đặc biệt, BVPTW còn nhận được hỗ trợ trong giải trình tự vi khuẩn lao kháng thuốc, nhằm ứng dụng giải trình tự cho phát hiện lao kháng thuốc trong mạng lưới CTCLQG.

Tại sao chúng tôi triển khai dự án này?

Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS), hay còn gọi là giải trình tự toàn bộ bộ gen (WGS) mang đến tiềm năng to lớn có thể biến đổi ngành vi sinh vật học lâm sàng và y tế công cộng. Bằng cách nhanh chóng xác định các tác nhân gây bệnh và theo dõi đặc tính của chúng, bao gồm kháng kháng sinh, NGS/WGS có thể nâng cao khả năng kiểm soát các bệnh truyền nhiễm. NGS/WGS đang làm thay đổi cách tiếp cận y tế công cộng đối với kiểm soát bệnh truyền nhiễm, cũng như quản lý chẩn đoán và điều trị bệnh nhân với hiệu quả cao hơn. Tuy nhiên, việc chuyển giao từ nghiên cứu sang sử dụng trong hoạt động thường quy ở các nước thu nhập thấp và trung bình (LMICs) đối mặt với nhiều thách thức, từ cơ sở hạ tầng đến phát triển nhân lực. Ở cấp độ hệ thống, để phát triển các giao thức tiêu chuẩn, chương trình kiểm tra năng lực, hướng dẫn chuyên môn và chính sách, quy định, đòi hỏi những nỗ lực lớn từ các cấp. Do đó, hỗ trợ đẩy mạnh viện ứng dụng NGS/WGS tại các nước LMICs là cần thiết.

WGS SARS-CoV-2: Virus SARS-CoV-2 liên tục biến đổi gen, tác động mạnh tới khả năng lây lan, tình trạng bệnh, khả năng kháng vắc xin, v.v. Mặc dù hiện tại COVID-19 không còn là tình trạng y tế khẩn cấp toàn cầu, nhưng nguy cơ xuất hiện biến thể nguy hiểm khác gây ra đợt dịch mới và tử vong vẫn còn tồn tại. Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã khuyến cáo các quốc gia vẫn phải tăng cường sẵn sàng ứng phó với các đại dịch và các nguy cơ khác trong tương lai. NGS/WGS là phương pháp tối ưu nhất để nghiên cứu bộ gen của các tác nhân gây bệnh và xác định các biến thể mới. Dự án này cho phép giám sát bộ gen để sẵn sàng cho các đợt bùng phát tiềm năng và hiểu rõ hơn về hành vi của virus.

WGS/NGS phát hiện lao kháng thuốc: Chiến lược chấm dứt bệnh lao của WHO ưu tiên tiếp cận với chẩn đoán sớm và xét nghiệm kháng thuốc toàn diện cho tất cả những người mắc bệnh lao. Đây cũng là cấu phần quan trọng của chiến lược chăm sóc bệnh lao tích hợp, lấy bệnh nhân làm trung tâm. Bên cạnh đó, lao kháng thuốc là hiểm hoạ khôn lường với sức khỏe cộng đồng. Công nghệ NGS/WGS đã chứng tỏ tiềm năng to lớn đối với dự đoán lao kháng thuốc một cách chính xác và toàn diện trong phân lập vi khuẩn Mycobacterium Tuberculosis, cho phép đưa ra phác đồ điều trị được cá nhân hóa. Việt Nam là một trong 30 quốc gia có gánh nặng lao và lao kháng thuốc cao nhất, do vậy cần hành động nhanh chóng để ứng dụng công nghệ NGS/WGS vào phòng chống và kiểm soát bệnh lao.

Mục tiêu của dự án là gì?

Các mục tiêu cụ thể bao gồm:

  • Hỗ trợ xây dựng năng lực NGS/WGS SARS-CoV-2 thông qua đào tạo và hỗ trợ.
  • Đánh giá năng lực của cán bộ các đơn vị trong NGS/WGS lao kháng thuốc và tiến hành thí điểm phát hiện lao kháng thuốc bằng công nghệ NGS/WGS.

Dự án bao gồm những hoạt động gì?

Các hoạt động chính bao gồm:

  • Tổ chức các chương trình đào tạo tại chỗ cho BVPTW, Viện Pasteur Nha Trang và các cơ sở khác trong CTCLQG và hệ thống kiểm soát bệnh truyền nhiễm.
  • Mua sắm và cấp phát trang thiết bị, bộ kit xét nghiệm, sinh phẩm và vật tư tiêu hao.
  • Cung cấp hỗ trợ kỹ thuật, giám sát và đánh giá.
  • Triển khai khảo sát để đánh giá nhu cầu và khả năng của CTCLQG về NGS/WGS cho lao kháng thuốc.
  • Phát triển quy trình kỹ thuật cho BVPTW trong giải trình tự lao kháng thuốc và tiến hành thí điểm hiệu suất của quy trình này.

Kết quả dự kiến là gì?

Xây dựng năng lực WGS SARS-CoV-2 thông qua đào tạo và hỗ trợ kỹ thuật tại BVPTW và Viện Pasteur Nha Trang.

  • Đào tạo tại chỗ và thiết lập phòng thí nghiệm cho kỹ thuật giải trình tự gen ONT cho mỗi cơ sở. Tổ chức chương trình đào tạo tương tự cho nhân sự đến từ bốn bệnh viện phổi tuyến tỉnh/ thành phố và bốn Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh/ thành phố.
  • Tiếp tục hỗ trợ về phân tích thông tin sinh học thông qua tập huấn kỹ thuật tại chỗ.
  • Cung cấp các máy giải trình tự ONT và bộ kit giải trình tự, vật tư tiêu hao, các thiết bị và vật tư cần thiết khác để thực hiện WGS SARS-CoV-2 từ mẫu bệnh phẩm lấy từ các bệnh nhân dương tính với COVID-19.
  • Tiếp tục hỗ trợ kỹ thuật cho các đơn vị để tiến hành phân tích gen để tìm hiểu về các biến thể đang lưu hành, sự đa dạng gen và sự tiến hóa của SARS-CoV-2 trong nước.
  • 500 mẫu SARS-CoV-2 được giải trình tự gen và phân tích.

Đánh giá năng lực của Việt Nam trong NGS cho lao kháng thuốc và thí điểm ứng dụng công nghệ này trong chẩn đoán lao kháng thuốc

  • Khảo sát về nhu cầu và năng lực hiện có của các đơn vị trong CTCLQG đối với NGS lao kháng thuốc.
  • Xây dựng năng lực NGS lao kháng thuốc tại BVPTW, với chương trình thí điểm giải trình tự lao kháng thuốc của 30 mẫu cấy tuberculosis từ bệnh nhân lao đa kháng thuốc (MDR).
  • Hoàn thành bộ câu hỏi và triển khai công cụ tính toán chi phí cho giải trình tự lao kháng thuốc. 

Thời gian triển khai

Dự án triển khai từ tháng 9 năm 2022 đến tháng 12 năm 2023

Đối tác và đơn vị tài trợ

Dự án được phối hợp triển khai bởi FIND Việt Nam, Bệnh viện Phổi Trung ương và Viện Pasteur Nha Trang, với nguồn tài trợ từ Bộ Ngoại giao, Thương mại và Phát triển Canada (DFATD).